U Hrvatsku su franjevci kapucini najprije došli u Rijeku, gdje 1610. g. grade samostan. U Zagreb, na Gornji grad, dolaze 1618., gdje djeluju do 1788. g. kada je samostan odredbom cara Josipa II. raspušten te predan vojsci za Austrijsko-turskog rata (1787-1791).
U Varaždin dolaze 1699., u Osijek 1703., a u Karlobag 1710. g. Početkom 20. stoljeća riječki samostan pod vodstvom fra Bernardina Škrivanića († 1932.) postaje središnjim samostanom hrvatskih kapucina i žarištem vjerske i kulturne obnove u Hrvatskoj. Njegovim nastojanjem braća kapucini dolaze i u Split (1908.) i Dubrovnik (1913) gdje otvaraju svoje samostane. Zaslugom bl. Alojzija Stepinca kapucini se 1941. g. ponovno vraćaju i u Zagreb, u Dubravu, gdje grade Crkvu i samostan sv. Mihaela.
Godine 1967. zajedničke kapucinska »Ilirska provincija«, koja je okupljala hrvatske i slovenske samostane, dijeli se na hrvatski odn. slovenski komesarijat (povjerenstvo). Generalni ministar Reda fra Pashal Rywalski hrvatski komesarijat 1974. g. proglašava samostalnom provincijom pod zaštitom sv. Leopolda Bogdana Mandića.
U duhu evanđeoskog siromaštva i jednostavnosti i hrvatski kapucini djeluju među najširim i siromašnim slojevima stanovništva, kao i među nekršćanima, te su se isticali i ističu kao revni ispovjednici (sv. Leopold B. Mandić, prozvan »apostolom ispovjedaonice«), kao vrsni pučki propovjednici (fra Štefan Zagrebec), širitelji katoličkog tiska i marijanske pobožnosti (fra Bernardin Škrivanić), diplomati (fra Mihael Anđeo Božidarević), revnitelji za crkvenu glazbu (fra Anzelmo Canjuga, fra Zvonko Pšag…), vrsni teolozi i filozofi (fra Tomislav Janko Šagi Bunić, fra Hadrijan Borak, fra Zdenko Tomislav Tenšek, fra Bonaventura Zvonimir Šagi…)
Ni vanjske misije »ad gentes« tijekom povijesti nisu bile strane hrvatskim kapucinima. U misijama su, tako, iz naših krajeva djelovali fra Rafael iz Novigrada († 1737.) kao apostolski misionar u Moskvi, fra Angelik J. Bedenik († 1865.) kao biskup u Agri (Indija), fra Robert Antun Menini († 1916.) kao nadbiskup u Bugarskoj (Plovdiv), fra Karlo Rauch († 1939) u Turskoj… No, danas, nažalost, zbog nedovoljnog broja braće nismo u mogućnosti gajiti i takvu vrstu naše franjevačko-kapucinske karizme.
Djelatnost kapucina u hrvatskoj danas
Djelatnost braće kapucina u hrvatskoj danas je uglavnom vezana uz župni pastoral. Župe, naime, vodimo u Zagrebu, Varaždinu, Osijeku, Rijeci, Karlobagu i Splitu.
U Splitu i Dubrovniku, pak, vodimo brigu oko Gospinih svetišta, i to: Gospe od Pojišana u Splitu i Gospe od Milosrđa u Dubrovniku, a u Osijeku, pak, vodimo brigu oko prvog Leopoldova svetišta u Hrvatskoj.
Uz taj prevladavajući apostolsko-pastoralni angažman i danas se, kao i tijekom minulih stoljeća, nastoje otkrivati i razvijati tradicionalne, ali i novije, tipično franjevačko-kapucinske djelatnosti: pučke pobožnosti, pučke misije, vođenje duhovnih vježbi i obnova, ispovijedanje i propovijedanje, rad s ministrantima, članovima Franjevačkog svjetovnog reda i Frame, duhovna skrb za bolesnike, stare i nemoćne…
Novonastala društveno-politička situacija otvorila je i mogućnosti bavljenja nekim novijim i drugačijim apostolsko-pastoralnim aktivnostima i potrebama Crkve. Tako su braća kapucini, kao uostalom i svi drugi svećenici i redovnici, angažirani oko predavanja vjeronauka u školama. Uz to, pojedina braća se bave i tipično znanstvenim radom poučavajući na teološkom fakultetu i baveći se znanstvenim istraživanjima. Kapucini su danas češće prisutni i u sredstvima javnog priopćavanja (tisak, radio, TV), a i sami izdaju nekoliko glasila, od kojih je najpoznatiji Ljudima prijatelj, posvećen štovanju sv. Leopolda B. Mandića. Neki članovi Provincije vrše i službu kapelana u bolnicama i zatvorima.
U novijoj povijesti hrvatski kapucini su se osobito istakli i kao promicatelji pokoncilske teološke misle i liturgijske obnove. U tome je posebno prednjačio te ostalu braću, svojim primjerom i znanjem, učio fra Tomislav Janko Šagi Bunić († 2000.) koji je kao „perit“ (teološki savjetnik) zagrebačkog nadbiskupa i kardinala Franje Šepera i sam živo sudjelovao u radu Drugog vatikanskog sabora.